Война группировок
В конце августа (01.09.11. дата начала сюжета «Чистого Неба») группа сталкеров во главе со Стрелком проникает к блокам ЧАЭС, в результате случается сверхвыброс, послуживший «спусковым крючком» для начала войны группировок. Он изменил облик Зоны: обширные аномальные поля закрыли доступ на некоторые территории, заперев находящихся там людей, другие, ранее неизвестные, наоборот, открылись. Одним из таких мест стал город Лиманск, за который сразу начали бороться «Долг» и «Свобода». Примерно в это же время бандиты-ренегаты захватывают мост, ведущий в Лиманск, блокируя единственный путь. Город на время становится недоступен. Группировка Долг на своей базе в НИИ Агропром подверглась атаке мутантов из подземелий и перестала уделять внимание усилению бандитов. В Темной долине группировка Свобода также стала объектом нападений, на её членов охотились наёмники.
Воспользовавшись проблемами Долга, бандиты, поставив своей целью осуществить полный контроль над потоком артефактов к периметру, прочно обосновались на Свалке, своеобразном перекрестке дорог, и пожелали свою долю в промысле диггеров. Вытесненные со Свалки одиночки стали концентрироваться на Кордоне, где держался нейтралитет с военными, пока их командир не решил заключить сделку с паханами бандитов. В результате одиночки вступили в конфликт и с ними, взяв командира в плен.
Для предотвращения попыток проникновения «О-Сознание» вербует группировку «Монолит», выступавшую за неприкосновенность Зоны и верящую в божественную сущность Исполнителя желаний — Монолита. Незадолго до сверхвыброса КПК членов группировки разом выключаются, а сами они неожиданно покидают свою базу и направляются за Выжигатель. «О-Сознание» также разработала индивидуальную программу вербовки, получившую название «S.T.A.L.K.E.R.».
Во время сверхвыброса военные на Армейских складах понесли большие потери, а через некоторое время со стороны Выжигателя стали приходить агрессивно настроенные отряды группировки Монолит, что ещё больше осложнило защиту Барьера. Оставшиеся военные были вынуждены отступить на базу, а защитой Барьера занялись сталкеры. Почти сразу армейской базой заинтересовалась Свобода, захотевшая иметь стратегически важное положение, близкое к центру Зоны, и, несмотря на проблемы, направляя туда свои отряды. Таким образом, силы группировки оказались разрозненными.
Чистое Небо
Вместе с территориями, проход к которым открылся после сверхвыброса, открылись и проходы на болота. Выяснилось, что всё это время на них обитала неизвестная группировка, занимающаяся изучением Зоны. Её члены носили небесно-синий камуфляж и называли себя «Чистое Небо». Возглавляли группировку учёные: Лебедев Н. А., Каланча Е. Ф., Суслов В. И., ранее участвовавшие в проектах «О-Сознания». Они пытаются выяснить причину сверхвыброса и используют при этом спасённого наёмника Шрама. Лебедев выдвигает версию, что случившееся является результатом проникновения неких лиц к центру Зоны, и главной целью становится любыми путями предотвратить возможный повторный случай любыми способами. По воле случая, из КПК Клыка становится известно про Стрелка, и Шраму было приказано ликвидировать его, наёмник преследует сталкера, но тому удаётся скрыться. Тогда Лебедев решает всей группировкой следовать к ЧАЭС через Лиманск. «Чистое Небо» с боями прорывается к станции, где уже находится Стрелок. Шраму удаётся отключить его пси-защиту, но ожидаемое не достигнуто. Происходит новый мощный выброс, положивший конец войне группировок.
«Чистое Небо» было почти полностью уничтожено, немногие оставшиеся в живых были подвергнуты вербовке по программе «S.T.A.L.K.E.R.», другие разбрелись по зоне. Согласно программе, агентам «стирают» память и подвергают визуальному зомбированию (через мониторы), внушая конкретную задачу, а затем отправляют ближе к границе Зоны на грузовых автомобилях, чей радиационный фон во много раз превышал допустимый, и ни один из агентов не выживал. Сталкеры, часто натыкавшиеся на них, назвали их Грузовиками смерти. Стрелок также подвергается зомбированию, на его руке делается татуировка «S.T.A.L.K.E.R.», и он вместе с остальными агентами отправляется к Периметру. Не предполагая кто он, ему оставляют задание на КПК: «Убить Стрелка».